ゲームのジャンルは MMORPGといえど、フライトシューティングと銘打たれたエースオンラインの操作方法は独特である。
マウスの移動で進行方向を指定し、正面にのみ発射されるメインウエポンで攻撃を行う。ターゲットした相手を誘導機能のあるサブウエポンで攻撃する事も可能。逆にターゲットされた場合はタイミングを合わせて、[A]キー若しくは[D]キーで旋回する事により回避する事が可能。
また、ゲーム内のオプション画面でゲームパッドの設定を行う事が可能である。用意するゲームパッドは、方向指定の為のアナログスティックが必須となる。

















